В ЦНРПМ почти во все время их существования органом науки был Научный отдел, которому (в содружестве с теми или иными партнерами) без преувеличения принадлежала лидирующая роль в создании научного фундамента российской реставрации во второй половине XX века. Здесь была заложена, развита и укреплена на практике собственная методическая традиция, вобравшая в себя, с одной стороны, достаточно уникальные особенности чисто российской действительности с послевоенных времен и до конца века; с другой стороны, вместившая в себя мировые профессиональные установки – в пропущенном сквозь собственный опыт виде.

Научный отдел официально был создан в Мастерских в 1957 году, т.е. через 10 лет после их образования, и его первым руководителем был А.В.Ополовников. Основными направлениями деятельности становятся выработка методических принципов и правил научной реставрации, законотворчество в этой отрасли, научное изучение открывающихся в ходе реставрационных работ материалов, составление и по возможности публикация сводных работ – каталогов, сводов памятников и их деталей, баз данных и глоссариев. Но первым и главным направлением был сам памятник – его всестороннее изучение и исследование перед реставрационными работами.

«Золотым веком» Научного отдела можно считать 70-е и начало 80-х годов, когда его руководителем был С.С.Подъяпольский. Именно в это время наибольшей полноты достигла выработка тех установок, которые стали определять научное кредо Мастерских. В нем сошлось многое: и вековая российская реставрационная традиция, и новейшие европейские стандарты на то время («Венецианская хартия»), и опыт обильной  практики, и  реальный запрос «злобы дня». Все это было «просеяно» испытующим разумом и живым практическим знанием и легло в достаточно стройную синтетическую систему. Как известно, своего рода «манифестом» этого кредо стала книга С.С. Подъяпольского (с участием Г.Б. Бессонова, Л.А. Беляева и Т.М. Постниковой) «Реставрация памятников архитектуры», вышедшая в 1988 году и ставшая учебником и настольной книгой русского реставратора вплоть до наших дней.

Значительную роль Научный отдел в частности и ЦНРПМ в целом сыграли  в развитие законодательной базы  охраны наследия страны, когда её разработка только начиналась. Первой темой в исследовательских работах, предваряющих подготовку Закона «Об охране и использовании памятников культуры СССР», стала «Разработка инструкции по учету, охране, реставрации и использованию памятников архитектуры в СССР» (руководитель темы - Л.Ю. Воскресенская (Соколовская).

 Под руководством кандидата архитектуры Т.Е.Каменевой в 1981-1982 гг. была разработана «Методика исследований, историко-художественной оценки и оформления предпроектной документации по историческим градостроительным ансамблям». В архивах ЦНРПМ хранится целый ряд подготовленных ценных материалов, сохраняющих свою актуальность на сегодняшний день, но еще не увидевших свет. Это, в частности,  терминологические словари - глоссарии - результаты уже упоминавшихся выше трудов организации по отработке профессиональной лексики – теме, весьма насущной для специалистов, поскольку без этого нет четкости ни в работе, ни в документах, ни в законодательстве. Тема разрабатывалась в ЦНРПМ в разных вариантах Завершение этой работы могло бы принести немалую пользу для обеспечения современных требований  учета и регистрации объектов в Едином государственном реестре объектов культурного наследия.

Огромен вклад специалистов ЦНРПМ в изучение истории архитектуры. Трудно переоценить тот вклад в историю древнерусской архитектуры, который внесли такие корифеи реставрации, как П.Н.Максимов, Б.Л.Альтшуллер, С.С.Подъяпольский, а также их многочисленные коллеги. Делались новые открытия, подтверждались или опровергались имевшиеся историко-архитектурные представления, вводились новые атрибуции, научно осмыслялся тот обширный материал, с которым мастерам приходилось работать.

При разработке проектов реставрации проводилось большое количество архивно-библиографических исследований. Один из опытнейших искусствоведов-архивистов В.В. Скопин, совместно с М.И. Андреевым, собирает перечень архивных дел XVII-XIX вв. для тщательного изучения истории объектов Московского Кремля при их реставрации. Им же подготавливаются интереснейшие «Материалы по русским архитекторам, участвовавшим в восстановлении памятников архитектуры» в ходе разработки темы по «Истории отечественной реставрации памятников архитектуры» (1984 г.).

Среди значительных работ Научного отдела можно назвать также:

- создание иллюстрированных каталогов «Части древних зданий и сооружений» с альбомами архитектурных деталей (В.И. Шередега, Н.В.Каменев);

- подготовка каталогов древнерусской архитектурной керамики ХV-ХVII вв. (Е.Л.Хворостова);

- участие в выявлении и фиксации памятников по программе подготовки Свода памятников (первое двухтомное издание каталога «Памятники архитектуры Московской области» (Е.Н. Подъяпольская). Начиная с 1975 года, к текущему моменту вышло 4 тома;

- аннотирование библиографических и архивных материалов из РГАДА и других архивов;

- подготовка к изданию двух томов документов по истории охраны культурного наследия (Л.В.Карпова, Н.А. Потапова,  Т.П.Сухман). Первый том вышел в 2000 году, (второй так пока не напечатан). Те же авторы подготовили материалы для Толкового словаря «Охрана культурного наследия. Термины и понятия)».

Более 10 лет назад Научный отдел практически прекратил свое существование как самостоятельное образование в структуре Мастерских. Тому были объективные причины, связанные более всего с общим разладом всей социально-экономической системы времён перестройки. В 2011 году по инициативе главного архитектора Мастерских С.Б.Куликова Научный отдел ЦНРПМ был вновь возрожден.  Перед ним поставлен целый ряд новых задач, но и старые задачи сохраняют свою актуальность, и, может быть, даже в большей степени, чем раньше. Очевидно, что необходимо продолжать их выполнение, учитывая выход ЦНРПМ на международный уровень в области современных проектных, законодательных и методических решений и совершенствования системы организации охраны наследия.

Руководитель отдела - А.В. Бузылева.